Otros papeles icónicos por los que Kilmer también es conocido incluyen a Nick Rivers en Top Secret! (1984), Madmartigan en Willow (1988), Jim Morrison en The Doors (1991), Doc Holliday en el wéstern Tombstone (1993) y Simon Templar en El Santo (1997), entre muchos más.
La llegada a Hollywood de este actor se produjo gracias a los hermanos David y Jerry Zucker, junto con Jim Abrahams, quienes son los creadores de 'Aterriza como puedas'. En la paródica 'Top secret!', que se burla de las películas musicales de Elvis Presley en el contexto de la II Guerra Mundial, protagonizó una de las comedias más destacadas de todos los tiempos.
En la famosa película de fantasía 'Willow', tuvo la oportunidad de conocer a su esposa Joanne Whalley, con quien tuvo dos hijos: Mercedes y Jack.
En el thriller policíaco 'Heat', tuvo la oportunidad de compartir cartel con Al Pacino y Robert de Niro, y en 'Alejandro' de Oliver Stone, actuó junto a Colin Farrell. Asimismo, encarnó al famoso rockero Jim Morrison en 'The Doors', otra película dirigida por Stone.
A lo largo de los últimos años, uno de los íconos de la sensualidad de finales del siglo XX ha experimentado un notable deterioro físico. En 2016, se le realizó una cirugía para extirpar un tumor en la garganta; sin embargo, tras los análisis pertinentes, se determinó que no era cancerígeno.
Tuvo también sus coqueteos con la política al anunciar que estaba evaluando la posibilidad de postularse para el cargo de gobernador del estado de Nuevo México, donde vivió durante 25 años.